Несмотря на турецко-азербайджанское сотрудничество во многих сферах, долгосрочные стратегические интересы этих стран не всегда совпадают. Нахиджеванская Автономная Республика (НАР), которая не имеет непосредственной территориальной связи с Азербайджаном, теснее связана с Турцией в экономическом и коммуникационном аспектах. Воздействие Турции в НАР постоянно растет не только в экономической, но и в культурной сферах. Иран также пытается усилить свое влияние в Нахиджеване. Эти тенденции беспокоят азербайджанские власти, которые стремятся сохранить свой контроль над Нахиджеваном или даже намереваются в своих далеко идущих планах ликвидировать статус Автономной Республики. По мнению многих экспертов, отстранение с поста многолетнего единоличного руководителя НАР Васифа Талибова – шаг в этом направлении. В связи с этим с заявлением выступил депутат азербайджанского парламента Фазиль Мустафа, который заметил, что в разных областях страны не должны действовать разные законы, тем более, что в сегодняшнем Нахиджеване «нет ни хана, ни султана».

Сильна экономическая зависимость НАР от Турции. Последняя обеспечивает большую часть энергетических нужд НАР и является ее основным торговым партнером. Этому способствовали также сухопутная дорога Игдир-Садарак, авиарейс Нахиджеван-Стамбул и др. На нахиджевано-турецкой границе еще с 1993 года действует пропускной пункт Дилуджу, через который, особенно в последние годы, проходит товарооборот в больших объемах, и который содействует развитию приграничной торговли. На момент 2022 года из Турции в НАР импортировано товаров на сумму 87,947,048 долларов США, а из НАР в Турцию – на сумму 18,308,367 долларов США.

В 2023 году началось строительство газопровода Игдир-Нахиджеван из Турции в НАР, что в будущем еще более укрепит позиции Турции в Нахиджеване. В данный момент Нахиджеван получает газ по газопроводу, идущему из Ирана. Несмотря на то, что строительство турецкого газопровода будет способствовать развитию Нахиджевана, однако газопровод одновременно усиливает зависимость НАР от Турции, чего и опасается Азербайджан.

Еще одним фактором роста влияния Турции в крае является то обстоятельство, что значительная часть азербайджанцев, исходя из тяжелых социальных условий, уезжает на заработки в Турцию. Темпы этой трудовой миграции настолько высоки, что большинство жителей одного из кварталов Стамбула составляют нахиджеванцы. Об этом говорится в докладе Института войны и мира, автор которого -- азербайджанский журналист, который выступает под псевдонимом Адалет Баргарар.

Как и на территории всего Азербайджана, так и на территории НАР Турция активно проводит политику «мягкой силы». Турецкие СМИ, телепередачи, телесериалы очень распространены в Нахиджеване и оставляют в тени аналогичную азербайджанскую продукцию. Жители НАР теснее связаны с турецкой, чем с азербайджанской культурой.  Подобное воздействие турецкой «мягкой силы» беспокоит Азербайджан, так как оно подвергает опасности программу по созданию «азербайджанской национальной идентичности».

Важное значение имеет также военное присутствие Турции в НАР, особенно совместно проводимые военные учения. Они подчеркивают зависимость НАР от Турции в сфере обороны, свидетельством чему является совместное открытие военного комплекса. Эти и подобные шаги уже указывают на то, что в вопросе Нахиджевана возможности Азербайджана по принятию самостоятельных решений в некотором смысле ограничены, что может привести к ослаблению позиций Азербайджана в Нахиджеванской Автономной Республике.

Таким образом, в «братских турецко-азербайджанских отношениях» существуют противоречия неявного характера. Если процессы будут развиваться такими темпами, весьма возможно, что Турция сможет полностью «поглотить» край, вследствие чего азербайджанский контроль примет фиктивный характер. НАР является также мощным рычагом в руках Турции, благодаря которому Турция не позволит Азербайджану выйти за пределы своей зоны влияния.